De NVWA controleert vanaf de weg en vanuit de lucht of aardappeltelers in gebieden met een beregeningsverbod zich houden aan het verbod op beregening met oppervlaktewater. Op de website van de NVWA staat een kaart waarop men kan zien in welke gebieden een beregeningsverbod geldt. Deze gebieden liggen verspreid over het gehele land.

In deze gebieden mogen telers geen oppervlaktewater gebruiken voor beregenen en bespuiten van consumptie- en zetmeelaardappelen, omdat dit water besmet kan zijn met de bacterie die bruinrot veroorzaakt. Voor pootgoed geldt sinds 2005 een landelijk verbod op het beregenen en bespuiten met oppervlaktewater.

De beregeningsverboden gelden niet voor het gebruik van bronwater, leidingwater en opgevangen regenwater. Het beregeningsverbod in verband met bruinrot is een aanvullende maatregel bovenop de regels voor het gebruik van oppervlaktewater van onder meer de waterschappen.

Wanneer de NVWA vaststelt dat het verbod is overtreden, wordt proces-verbaal opgemaakt en worden de percelen die met oppervlaktewater zijn beregend aangemerkt als ‘waarschijnlijk besmet’ met bruinrot. Het bedrijf komt dan onder toezicht van de NVWA te staan en er gelden beperkende maatregelen voor de afzet van de beregende aardappelen. De aardappelen worden bemonsterd. Indien bruinrot wordt aangetroffen heeft dit gevolgen voor de hele aardappelteelt van het bedrijf.