Uit onderzoek van de Commissie Deskundigen Meststoffenwet blijkt dat de stikstofverliezen uit emissiearme stallen hoger uitvallen. Bij pluimvee zijn de ammoniakemissies van het staltype volièrehuisvesting te laag vastgesteld. De onderschatting van ammoniakemissies in de varkens- en rundveehouderij is relatief beperkt.

Dat emissiearme stallen niet in alle gevallen de beoogde emissiereductie opleveren, is volgens de minister van LNV soms toe te wijzen aan de gebruikte techniek en soms aan het management van het systeem door de veehouder. Dit onderstreept voor de minister de noodzaak om samen met de sector blijvend onderzoek te doen naar de emissie(reductie) van (emissiearme) stallen in de praktijk. Binnen de stikstofaanpak is daarom gekozen voor innoveren in nieuwe stalsystemen via de subsidieregeling brongerichte verduurzaming (Sbv), maar ook het maken van een sectoranalyse van bestaande 
nieuwe innovatieve technieken uit de Sbv. De innovatiefase biedt hierbij ook nadrukkelijk de ruimte voor onderzoek ten behoeve van het nauwkeuriger bepalen van de effectiviteit van emissiearme stallen. Met deze inzet wil de minister toewerken naar een aanscherping van de normen om zo tot een verdere emissiereductie voor de ammoniakemissie uit stallen te komen.

De minister wil uiterlijk eind 2023 per diergroep aangescherpte emissienormen voor ammoniak vaststellen. Voor subsidiering van het doorvoeren van de benodigde aanpassingen is voor de periode 2023-2030 een bedrag van € 280 miljoen gereserveerd. Deze middelen worden eerst in innovatie en onderzoek geïnvesteerd en pas bij bewezen effectiviteit van nieuwe technieken worden middelen beschikbaar gesteld voor ondersteuning van veehouders bij het aanpassen van de stallen. De nieuwe emissienormen zouden uiterlijk in 2025 voor alle relevante diergroepen moeten ingaan. De minister heeft eerder aangegeven dat deze nieuwe emissienormen dan direct gelden voor nieuwe stallen en geplande renovaties en dat voor bestaande stallen een overgangstermijn gaat gelden.